Имя хатимана «множество флагов», как предполагают японские исследователи, ведёт своё происхождение от древнего обычая ставить флаги в честь богов. Зарождение культа Хатимана связывается с местностью Уса (остров Кюсю, префектура Оита), где он почитался под именем Хатиман-Дайбосацу, вместе с двумя другими божествами - Химэгами и Отараси-химэ-но микото. Со временем культ всех трёх божеств слился в культ Хатимана, а в период Хэйан (9-12 вв.) под именем Хатимана был обожествлён правитель страны Одзин (согласно «Нихонги», пятнадцатый император Японии, правивший в 270-312). Тогда же Хатимана стали почитать как хранителя императорской цитадели и в конечном счёте как покровителя императорского рода, а позднее - как покровителя самураев из рода Минамото, т. е. в качестве удзигамч - божества рода. В эпоху Камакура (13 в.) Хатиман выступает как покровитель основанного Минамото сёгуната (военного правительства), а с усилением воинского сословия - самураев по всей стране широко распространился культ Хатимана как «бога лука и стрел», т. е. покровителя воинов, или бога войны.

В старинных памятниках запечатлены легенды о явлениях Хатимана в облике старого кузнеца, трёхлетнего ребёнка и др. и оказании им помощи людям. Хатиману поклоняются в храме местности Уса (Хатиман-но мия), в городе Явата (префектура Киото) и др.