Сами когорты строились в шахматном порядке (quincunx), на поле боя могли применяться в частности:

* triplex acies — 3 линии из четырёх когорт в 1-й и трёх во 2-й и 3-й на расстоянии 150—200 футов (45-65 метров) друг от друга;
* duplex acies — 2 линии по 5 когорт в каждой;
* simplex acies — 1 линия из 10 когорт.

На марше, обычно на неприятельской территории, они строились четырьмя параллельно идущими колоннами с тем чтобы было легче перестроиться в triplex acies по сигналу тревоги, либо образовывали так называемый orbis («круг»), облегчавший отступление под интенсивным обстрелом.

При Цезаре каждый легион выставлял в первую линию 4 когорты, a во вторую и третью — 3. Когда когорты стояли сомкнутым строем, расстояние, отделявшее одну когорту от другой, равнялось длине когорты по фронту. Этот промежуток уничтожался, как только ряды когорты развёртывались для боя. Тогда когорта растягивалась по фронту почти вдвое по сравнению с обычным строем.

Взаимодействия когорт, по причине большей численности отдельного отряда и упрощённости маневрирования, не предъявляли столь высоких требований к индивидуальной подготовке каждого легионера.

С большей или меньшей периодичностью применялись:

* замена пшеницы на ячмень в пайке;
* денежный штраф или частичная конфискация добытых трофеев (pecuniaria multa);
* временная изоляция от сослуживцев или временное удаление из лагеря;
* временное лишение оружия;
* военные упражнения с поклажей;
* несение караула без военной одежды или даже без калиг;
* знаменитая порка (castigatio) центурионами легионеров виноградной лозой или, что было суровее и позорнее, розгами;
* сокращение жалованья (aere dirutus);
* исправительные работы (munerum indictio);
* публичная порка перед центурией, когортой или целым легионом (animadversio fustium);
* разжалование по чину (gradus deiectio) или по роду войска (militiae mutatio);
* позорное увольнение со службы (missio ignominiosa, которое иногда постигало целые отряды);
* 3 вида казни: для солдат — фустуарий (по Колобову так называлась казнь при децимации, тогда как decimatio обозначало вид жеребьёвки), для центурионов — сечение розгами и обезглавливание, и казни по жребию (децимация, вицезимация и центезимация).

В начале III в. до н. э. был принят закон о смертной казни для уклонявшихся от военной службы. При Вегеции о казнях возвещал особый сигнал трубы — classicum.

Также за плохое несение ночной стражи, воровство, лжесвидетельство и нанесение себе увечий солдат могли прогнать сквозь строй их товарищей, вооружённых дубинками и страх перед этим вызывал действенный эффект.

Роспуск легиона применялся к мятежным (по политическим причинам или из-за понижения зарплаты) войскам, да и то ультраредко (примечателен созданный в 68 г. мятежным прокуратором Африки Луцием Клодием Макром легион I Macriana Liberatrix, в котором Гальба перед расформированием казнил весь командный состав). Тем не менее, главнокомандующие даже при императорах пользовались неограниченной карательной властью, кроме высших офицеров, которых они до тех пор могли также присуждать к смертной казни. По постановлению Августа они лишены были такого права.

Различные наказания (штраф, конфискация имущества, тюремное заключение, даже в некоторых случаях продажа в рабство) могли быть наложены также если при мобилизации юноши и мужчины от 17 до 46 лет например не записались в войско.

С другой стороны, конечно часто применялись и неписанные наказания. Так например во время Латинской войны в 340 до н. э. сын консула Тита Манлия Торквата, Тит Манлий Младший, за поединок вне строя, несмотря на многочисленные просьбы, был обезглавлен по приказу собственного отца; тем не менее позднее это заставило солдат более внимательно относиться, в частности, даже к дневным и ночным караулам.

Август за некоторые нарушения мог заставить стоять солдата целый день перед палаткой претория в одной тунике с держанием палисадных кольев.

Прославившийся дисциплинарной жестокостью Опилий Макрин, помимо децимации и центезимации из-за мятежей (даже слово «centesimare» принадлежало ему), распинал собственных нерадивых воинов, что с военно-юридической точки зрения было нонсенсом.

А Песценний Нигер во время одной кампании заменил серебряную походную посуду на деревянную, булки на сухари, а вино на уксус и хотел даже обезглавить 10 солдат из одной манипулы за то, что те украли и съели курицу, но вместо этого ввёл для них суровые наказания: десятикратная компенсация стоимости курицы и запрещение питания горячей едой и разведения огня в своей палатке во время всего похода, за чем должны были следить приставленные надсмотрщики. Помимо этого он распорядился чтобы солдаты при походах не брали даже золотые или серебряные монеты, а сдавали их в военную казну для обратного получения после кампании

Аврелиан отличался не меньшей суровостью: за прелюбодеяние с женой арендатора он разорвал солдата на верхушках двух пригнённых к земле деревьев и к тому же написал такое письмо одному из помощников: «Если ты хочешь быть трибуном или если, попросту говоря, хочешь жить, то сдерживай своих солдат. Пусть никто из них не украдёт чужой курицы, не тронет чужой овцы; пусть никто не унесёт кисти винограда, хлебного колоса, не требует себе масла, соли, дров. Пусть всякий довольствуется своей законной порцией… Пусть оружие у них будет вычищено, отточено, обувь крепка… Пусть жалованье у солдата остается в поясе, а не в кабаке… Пусть он холит своего коня и не продаёт его корма; пусть все солдаты сообща ходят за центурионным мулом. Пусть солдаты… ничего не дают гадателям… кляузники пусть подвергаются побоям…».

* medicus castrorum — лагерный врач, подчинялся префекту лагеря (praefectus castrorum), а в его отсутствие — легионному трибуну;
* medicus legionis, medicus cohortis, optio valetudinarii — последний — заведующий военным госпиталем (валетудинарием), все 3 должности существовали лишь при Траяне и Адриане;
* medicus duplicarius — врач на двойной зарплате;
* medicus sesquiplicarius — врач на полуторной зарплате;
* capsarius (deputatus, eques capsariorum) — конный санитар с походной аптечкой (capsa) и с седлом с 2 стременами на левой стороне для эвакуации раненых, входил в отряд из 8-10 чел.; предположительно могли набираться из числа так наз. immunes;
* medicus ordinarius (miles medicus) — рядовой врач или штабной хирург, в каждой когорте их было 4.

Учащийся назывался discens capsariorum.

Набор мог быть обычным, из новобранцев, из квалифицированных медиков по договору, из рабов, которых потом отпускали или, в экстренных случаях, обязательный, из гражданских лиц.